Ngôi đền cổ này được xây dựng trước khi Kyoto trở thành thủ đô Hoàng gia vào năm 794, khu vực đền gồm một phần còn lại của một khu rừng nguyên sinh có tuổi đời còn lâu đời hơn ngôi đền. Đây là một trong những "Đền thờ Kamo" của Kyoto (ngôi đền còn lại là Đền Kamigamo), và được triều đình Heian sùng bái. Vào tháng 5, lễ rước Aoi dừng lại ở đền Shimogamo trước khi tiếp tục đến đền Kamigamo, đây cũng là nơi các cuộc đua ngựa và trình diễn cưỡi ngựa bắn cung được tổ chức.