Первым перебравшимся через бурный поток реки Дайя, который долгое время был препятствием для появления людей, на вершину горы Нантай (2486 метров) был монах святой мудрец Сёдо, принявший монашество в храме Симоцукеякусидзи. В 767 году (период Дзинго-кэйун) на Футарасан (второе название Нантай) Святой основал храм Хонгу, и с тех пор Никко стал принимать множество паломников в качестве места поклонения.

1616 эпохи Генва в префектуре Сидзуока скончался Токугава Иэясу, и в следующем 1617 году,  был похоронен здесь. С тех пор это место назначено в качестве покровителя города Эдо.

В 1636 году (13 год Канъэй), когда внук Токугава Иэмицу стал сёгуном, в святилище Никко Тосё-гу была выполнена крупномасштабная перестройка, построены храмы с подобной современной бесчисленной роскошной резьбой. Иэмицу умер в замке Эдо в 1651 году (4 год Кейан) и завещал перенести свой прах в Никко, так как хотел служить Иэясу и после смерти, в 1653 (начало Эдо) был воздвигнут мавзолей Тайю-ин.